我想用一个IPython笔记本作为一种交互式分析一些基因组图的方法,我正在使用Biopython的GenomeDiagram
模块制作。虽然有大量关于如何使用matplotlib
在IPython笔记本中内联图形的文档,但GenomeDiagram使用ReportLab工具包,我认为IPython中的内联图形不支持该工具包。
然而,我在想,解决这个问题的一种方法是将绘图/基因组图写入一个文件,然后内联打开图像,这将产生与以下内容相同的结果:
gd_diagram.write("test.png", "PNG")
display(file="test.png")
然而,我不知道如何做到这一点,也不知道这是否可能。那么,有人知道图像是否可以在IPython中打开/显示吗?
借助此帖子,您可以执行以下操作:
from IPython.display import Image
Image(filename='test.png')
(官方文件)
如果您试图在循环中以这种方式显示图像,那么您需要在显示方法中包装图像构造函数。
from IPython.display import Image, display
listOfImageNames = ['/path/to/images/1.png',
'/path/to/images/2.png']
for imageName in listOfImageNames:
display(Image(filename=imageName))
注意,到目前为止发布的解决方案只适用于png和jpg!
如果您希望在不导入更多库的情况下更轻松,或者希望在Ipython笔记本中显示动画或非动画GIF文件。将要显示的行转换为markdown,并使用这个漂亮的短hack!
![alt text](test.gif "Title")