PyPy不是CPython的一个分支，所以它永远不能直接合并到CPython中。

理论上，Python社区可以普遍采用PyPy，PyPy可以作为参考实现，而CPython可以停止使用。然而，PyPy也有自己的弱点：

• CPython很容易与用C编写的Python模块集成，这是Python应用程序处理CPU密集型任务的传统方式（例如，请参见SciPy项目）。
• PyPy JIT编译步骤本身需要花费CPU时间--只有通过重复运行编译后的代码，它才会变得更快。这意味着启动时间可能会更长，因此PyPy在运行粘合代码或琐碎脚本时不一定那么高效。
• PyPy和CPython行为在所有方面都不相同，尤其是在“实现细节”方面（不是由语言指定的行为，但在实际层面上仍然很重要）。
• CPython运行在比PyPy更多的体系结构上，并且已经成功地适应了在嵌入式体系结构中运行的方式，而这些方式对PyPy来说可能是不切实际的。
• CPython用于内存管理的引用计数方案可以说比PyPy的各种GC系统具有更可预测的性能影响，尽管这并不一定适用于所有的“纯GC”策略。
• PyPy尚未完全支持Python 3.x，尽管Python 3.x是一个活动的工作项。