这是我正在做的：

1. 从文件加载稀疏矩阵。
2. 提取在此稀疏矩阵中具有值的索引（coll， row）。
3. 使用这些索引和值进行进一步计算。

当我在R命令提示符上执行步骤时，这可以正常工作。但是当它在包的函数中完成时，第2步会引发以下错误：

Error in which(matA != 0, arr.ind = TRUE) :
  argument to 'which' is not logical

这是带有示例的示例代码：

matA <- as(Matrix(c(0,1,2,1,0,0,3,0,2), nrow=3, ncol=3), "sparseMatrix")  # Step 1
nz <- which(matA != 0, arr.ind = TRUE)  # Step 2

> nz
     row col
[1,]   2   1
[2,]   3   1
[3,]   1   2
[4,]   1   3
[5,]   3   3

在我的例子中，加载的矩阵是类型：dsCMatrix， dgCMatrix。

class(matA != 0): lsCMatrix

我不明白为什么这会导致错误。

请注意以下几点：

1. 无法共享转储的稀疏矩阵文件。因此通过为步骤1创建一个虚拟矩阵来显示一个示例。
2. 稀疏矩阵的维度是巨大的。所以将稀疏矩阵转换为正则矩阵超过了内存限制。

库：我使用的包提到了以下库：

Suggests: 
    testthat (>= 2.1.0),
    knitr,
    rmarkdown
Imports: 
    irlba,
    text2vec,
    dplyr,
    magrittr,
    Matrix,
    readr,
    rlang,
    data.table,
    stringr,
    here