我以这种方式定义了一个名为FilterCommand dIndices的S4类：

setClass('FilterCommandIndices',
     representation(rows='logical', cols='logical')
     )

它只包含两个插槽，逻辑向量指示给定的行或列是否包含在集合中。然后我想重载下标操作符以使其与前一个类一起使用。我的初始实现是这样的：

setMethod('[', c(x='ANY', i='FilterCommandIndices', j='missing'),
      function(x, i, j, ..., drop=TRUE) {
        if (nrow(x) != length(getRows(i)) || ncol(x) != length(getCols(i))) {
          stop('Incorrect number of dimensions')
        } else {
          return(x[getRows(i), getCols(i)])
        }
      })

在前面的代码中，getRow（）和getCols（）是FilterCommand dIndices类的相应微不足道的访问器：

setGeneric('getRows', function(object) standardGeneric('getRows'))

setMethod('getRows', 'FilterCommandIndices',
      function(object) {
        return(object@rows)
      })

setGeneric('getCols', function(object) standardGeneric('getCols'))

setMethod('getCols', 'FilterCommandIndices',
      function(object) {
        return(object@cols)
      })

我认为通过使用ANY签名，我可以使这个简单的类和运算符组合即使在基类中也能工作，就像一个简单的矩阵一样。虽然它似乎适用于示例类…

d> bar1
An object of class "FilterCommandIndices"
Slot "rows":
[1] FALSE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE

Slot "cols":
[1] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE

d> mockMethylSet
MethylSet (storageMode: lockedEnvironment)
assayData: 5 features, 5 samples 
  element names: Meth, Unmeth 
phenoData: none
Annotation
Preprocessing
  Method: unknown
  minfi version: unknown
  Manifest version: unknown

d> mockMethylSet[bar1]
MethylSet (storageMode: lockedEnvironment)
assayData: 4 features, 5 samples 
  element names: Meth, Unmeth 
phenoData: none
Annotation
Preprocessing
   Method: unknown
  minfi version: unknown
  Manifest version: unknown

…但不在基矩阵类中：

d> zeroDetectionP
   S1 S2 S3 S4 S5
F1  0  0  0  0  0
F2  0  0  0  0  0
F3  0  0  0  0  0
F4  0  0  0  0  0
F5  0  0  0  0  0

d> zeroDetectionP[bar1]
Error en zeroDetectionP[bar1] : invalid subscript type 'S4'

在setMethod文档中，它说你可以在签名中使用基类来定义方法，这让我认为我可以使用ANY签名来实现类似于之前方法的东西，并且只有当下标对象没有实现nrow（）、nco（）或运算符'['时才会失败。

任何帮助或提示将不胜感激。

更新：设置特定的签名方法（如@hadley建议的）

如果我为矩阵基类设置一个具有特定签名的方法…

d> getMethod('[', c(x='matrix', i='FilterCommandIndices', j='missing'))
Method Definition:

function (x, i, j, ..., drop = TRUE) 
{
    return(x) # Dummy method
}

…然后再次尝试下标矩阵…

d> zeroDetectionP[bar1]
Error en zeroDetectionP[bar1] : invalid subscript type 'S4'

…错误仍然存在。

更新：最小可重现示例

我试图写一个最小的场景，我可以重现以前的场景。我认为，这是一个给出相同错误的简单场景。正如@hadley所建议的，这可能是由于下标是原语。

library(methods)

setClass('Indices', representation(rows='logical', cols='logical'))

setMethod('[', c(x='ANY', i='Indices', j='missing'),
      function(x, i, j, ..., drop=FALSE) {
        return(x[i@rows, i@cols])
      })

setClass('M', representation(m='matrix'))

setMethod('[', c(x='M', i='logical', j='logical'),
      function(x, i, j, ..., drop=FALSE) {
        return(x@m[i, j])
      })

anIndicesObject <- new('Indices', rows=c(TRUE, TRUE, FALSE), cols=c(FALSE, TRUE, FALSE))
aMatrix <- matrix(1:9, nrow=3)
aMobject <- new('M', m=aMatrix)

aMobject # Prints the M object
aMobject[c(TRUE, TRUE, FALSE), c(TRUE, TRUE, TRUE)] # Susbcript by logical vector
aMobject[anIndicesObject] # Subscript by Indices class
aMatrix[anIndicesObject] # Subscript a matrix by Indices --> ERROR