提问者:小点点

Networkite无法安装python软件包


我试图在RStudio(Windows 10)中运行Seurat管道,这需要安装python库“umap learn”(Seurat演练:https://satijalab.org/seurat/v3.0/pbmc3k_tutorial.html).

要安装上述库,我将以以下方式使用R中的网状库:

library(reticulate)
py_install(packages = 'umap-learn')

我得到以下错误:

Error in conda_python(envname = envname, conda = conda) : 
  conda environment r-reticulate not found

我已经尝试了我能想到的一切:

  • 为py_install提供直接指向python的路径
  • 卸载/重新安装RStudio
  • 卸载/重新安装Anaconda
  • 已尝试将蟒蛇添加到系统路径
  • 使用devtools版本的Networkite
  • 使用use_python函数:使用_python(“C://Users/lvlah/Anaconda3/python.exe”)

我对此束手无策——我的同事都没有这个问题。任何帮助都将不胜感激。


共2个答案

匿名用户

我也遇到了同样的问题,问题似乎是您需要首先手动创建r-networkite环境。我是在Anaconda Navigator中手动完成的,但您也可以在r中执行conda_create(“r-neticulate”),如本教程所述。

匿名用户

我遇到了完全相同的问题,在找到这篇有用的文章后,我通过安装OpenSSL解决了这个问题。希望它对你有用!